تم وضع خطة شاملة لتطوير عناصر منظومة السكك الحديدية ترتكز علي عدد 5 محاور رئيسية تشمل تطوير الوحدات المتحركة والبنية الأساسية ونظم الإشارات والورش الإنتاجية وتنمية العنصر البشري وذلك بهدف رفع طاقة النقل وتعظيم نقل الركاب والبضائع علي خطوط الشبكة 
ورفع معدلات الآمن والسلامة وتقليل معدل الانبعاثات الكربونية الناتجة عن النقل بالشاحنات 
حيث من المستهدف رفع طاقة نقل الركاب من 700 ألف راكب / يوم عام 2014 
إلي 1,2 مليون راكب / يوم عام 2024 و2 مليون راكب / يوم عام 2030 ورفع طاقة نقل البضائع من حوالي 4,5 مليون طن سنوياً عام 2014 إلي 6 مليون طن سنويا عام 2024 
و 13 مليون طن سنوياً عام 2030 وأهم ما يتم في هذه المحاور :
المحور الأول : الوحدات المتحركة :
1. توريد عدد 210 جرار جديد GE  كما تم إعادة تأهيل عدد 100 جرار من إجمالي 220 جرار مخطط إعادة تأهيلها .
2. توريد عدد 6 قطارات تالجو فاخرة من شركة تالجو الأسبانية ، ودخلت جميعها الخدمة .
3. توريد عدد 1047 عربة من إجمالي عقد توريد 1350 عربة ركاب جديدة 
من شركة جانزمافاج المجرية .
4. الإنتهاء من إعادة تأهيل عدد 1404 عربة تحيا مصر .
5. توريد عدد 609 عربة من اجمالي عدد 1215 عربة بضائع طرازات مختلفة من مصنع سيماف 
6. الانتهاء من إعادة تأهيل 5000 عربة بضائع طرازات مختلفة من إجمالي 9000 عربة .
7. جارى توريد عدد 7 قطارات نوم فاخرة جديدة من شركة تالجو الإسبانية لتقديم خدمة فندقية متميزة .
8. جارى إعادة تأهيل ورفع كفاءة أسطول قطارات النوم الحالي بإجمالي 120 عربة
وتم الانتهاء من إعادة تأهيل عدد (4) عربة نموذج .
المحور الثاني : تطوير البنية الأساسية :
 يهدف تطوير البنية الأساسية للسكك الحديدية إلي تأمين مسير القطارات وزيادة معدلات السلامة والآمان علي خطوط الشبكة والحد من الحوادث بالإضافة إلي تحسين مستوي الخدمة المقدمة لجمهور الركاب .
1- تطوير المحطات القائمة :
 تم الإنتهاء من تطوير عدد 312 محطة  من اجمالي 708 محطة 
( منهم 114 محطة ضمن المرحلة الاولي لمباردة حياة كريمة ) .
2- انشاء محطات جديدة :
   في  ضوء توجيهات فخامة السيد رئيس الجمهورية  بضرورة وضع حل لمشكلة الازدحام بميدان رمسيس وبمحطة مصر تم الإنتهاء من انشاء محطة قطارات صعيد مصر بمنطقة بشتيل والمقامة على مساحة تعادل 4 أضعاف مساحة محطة رمسيس الحالية.
3- إنشاء خطوط سكك حديدية
   تم التخطيط لإنشاء خطوط جديدة ضمن الممرات اللوجيستية لربط الموانئ الجافة والمناطق اللوجيستية مع خطوط السكك الحديدية الحالية حيث تم : 
   إنشاء خط سكة حديد ( كفر داود / السادات ) بطول 38 كم ضمن الممر اللوجيستي ( القاهرة / الإسكندرية ) وهو أول خط سكة حديد جديد ينشأ منذ 30 سنة 
وعــــدد 4 محطات ( 3 محطات ركاب لخدمة القرى ومدينة السادات 1 محطة شحن بضائع عملاقة لخدمة المنطقة الصناعية بالسادات والميناء الجاف بها ).
   إنشاء وإعادة تأهيل وتطوير خط سكة حديد الفردان / بئر العبد بطول 100 كم وتطوير عدد 6 محطات على الخط ( القنطرة شرق – جلبانة – بالوظة - رمانة – نجيلة – بئر العبد ) وجاري إنشاء عدد 2 محطة جديدة بالخط (السلام – 30 يونيو) لخدمة الجامعة الاهلية والجامعة التكنولوجية وانشاء وصلة ميناء شرق بورسعيد 
بطول 44 كم ، وجارى إنشاء خط بئر العبد/ العريش / طابا بطول 355 كم 
ليصل إجمالي طول الخط إلى 500 كم.
 جاري انشاء خط الروبيكي - العاشر من رمضان - بلبيس بطول 63,5 كم 
( تم توقيع الاتفاق التنفيذي لاتفاية التسهيلات الائتمانية الموقعة بين جمهورية مصر العربية والوكالة الفرنسية للتنمية يوم 7/4/2025 علي هامش زيارة الرئيس الفرنسي الي جمهورية مصر العربية ) .
  جاري انشاء خط المناشي – 6 اكتوبر بطول 68 كم 
 جاري ازدواج خط بشتيل – الاتحاد بطول 90 كم .
 ازدواج خط المنصورة – دمياط بطول 65 كم .
  انشاء خط لربط ميناء جرجوب البحري بخط سكة حديد سملا / السلوم بطول بطول 28 كم .
4-  تجديدات السكة :
 تم تجديد وتطوير مسافات سكة بإجمالي أطوال 1511 كم  من اجمالي اطوال 
10 الاف كم وعدد 2282 مفتاح من اجمالي 6664 مفتاح على خطوط 
( القاهرة / الإسكندرية – بنها / الزقازيق / بورسعيد ) وأهمها على الإطلاق خط سكة حديد الفردان / بئر العبد ضمن الممر اللوجيستي ( العريش / طابـــا ) .
5- ماكينات إنشاء السكة :
 تم تدبير عدد 16 ماكينة جديدة آخر 10 سنوات بالإضافة إلى 31 ماكينة تم توريدها 
منذ أكثر من 35 سنة ليكون الإجمالى الحالي 47 ماكينة ( طرازات مختلفة ) .
 تم توقيع عقد توريد عدد 14 ماكينة جديدة للهيئة القومية لسكك حديد مصر 
و30 ماكينة جديدة للقطار السريع ليصل اجمالي عدد الماكينات إلى 91 ماكينة .
6- تطوير المزلقانات :
 تم الإنتهاء من التطوير الشامل لعدد 841 مزلقان من إجمالي 1120 مزلقان مخطط تطويرها علي الشبكة .
7- تركيب البوابات الإلكترونية والحجز والدفع الإلكتروني بمحطات السكة الحديد :
 تم تنفيذ المرحلة الأولي بعدد 5 محطات رئيسية ( القاهرة – الجيزة – سيدي جابر – مصر بالإسكندرية – دمنهور ) لتنظيم وإحكام السيطرة علي الأرصفة والقطارات. 
المحور الثالث : تطوير نظم الإشارات والتحكم
 يهدف التطوير إلى تحويل خطوط الشبكة من النظام الميكانيكي إلي النظام الإلكتروني ، 
لزيادة معدلات السلامة والآمان وزيادة عدد القطارات والرحلات بالخطوط وتقليل زمن الرحلة وعدم الاعتماد علي العنصر البشري في تسيير حركة القطارات حيث تم وجاري تطوير نظم الإشارات علي خطوط الشبكة الرئيسية بإجمالي أطوال 2000 كم ، ومن أهم هذه الخطوط  خط القاهرة – الإسكندرية بطول 208 كم  وخط القاهرة – أسوان بطول 875 كم وقطاعاته 
( بني سويف – أسيوط بطول 250 كم وأسيوط  – نجع حمادي بطول181 كم ونجع حمادي – الأقصر بطول 118 كم والقاهرة – بني سويف بطول 125 كم ) وخط بنها – بورسعيد بطول 214 كم .
المحور الرابع : تطوير الورش الانتاجية
 تم التخطيط لتطوير ورش السكك الحديدية بعدد 33 ورشة رئيسية لزيادة الإنتاجية بها ورفع مستويات الجودة بهذه الورش من خلال التعاون مع الشركات العالمية المتخصصة الموردة للوحدات المتحركة في تطوير الورش مثل شركة جنرال اليكتريك في ورش التبين ومهمشة 
وشركة تالجو في ورش الفرز وإنشاء ورشة بأبي زعبل بالتعاون مع ترانسماش هولدنج .
 بالإضافة الي إنشاء 10 ورش جديدة من إجمالي 11 ورشة مخطط إنشائها .
المحور الخامس : تنمية العنصر البشري 
 لمواكبة التطوير الشامل لقطاع السكك الحديدية ، تم وضع خطة شاملة لرفع كفاءة وتطوير العنصر البشري باعتباره الركيزة الأساسية بمنظومة السكك الحديدية وحيث تعتمد هذه الخطة علي وضع معايير ومنهجية جديدة لانتقاء العنصر البشري المقرر انضمامه للعاملين بقطاع السكك الحديدية من خلال التأهيل والتدريب بالكلية الحربية والكلية التكنولوجية العسكرية والمعهد العالي لتكنولوجيا النقل بالإضافة إلي تنفيذ خطة لإعادة تأهيل وتدريب العناصر الحالية لرفع درجة الوعي لديها لاستيعاب أساليب التشغيل الحديثة للوحدات المتحركة الجديدة .

 تم تعيين عدد 550 مهندس بعد الإنتهاء من تدريبهم لمدة 6 شهور بالأكاديمية العسكرية المصرية بالإضافة إلي تعيين عدد 3350 تكنولوجي وفني ومساعد قائد قطار بعد الإنتهاء من تدريبهم بالكلية التكنولوجية العسكرية لمدة 3 أشهر .
 تم تحويل المدرسة الثانوية الصناعية بوردان الي المعهد العالي لتكنولوجيا النقل بنظام الاربع سنوات ( 2+2 ) وتم تخريج عدد (400) فني فوق متوسط وعدد (115) تكنولوجي حتى الآن ويعـــــــملون حاليا بهيئة السكة الحــــديد والشركات التابعة لها كما قامت الشركات الأجــــنبية 
( ألستوم – هيونداى روتم – RATP – أفيك ) العاملة بمشروعات السكك الحديدية بالإستعانة ببعض الخريجين منهم .